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大肠癌须与其他一些具有腹部肿块、腹部绞痛，直肠出血或大便习性改变等症状的肠道病变相鉴别，包括大肠的良性肿瘤或息肉要产病变如腺瘤、炎性息肉、幼年性息肉、肠壁脂肪瘤、血管瘤、平滑肌瘤等;大肠各类炎症性疾病如溃疡性结肠炎、Crobn氏病、阿米巴肠炎、日本血吸虫病、肠结核、结肠憩室炎、阑尾炎周围炎症性包块、放射性肠炎、性病性淋巴肉芽肿等，良性直肠、肛管疾患如痔、肛裂、肛瘘等。其他如肠套叠、乙状结肠粪块积贮及罕见的肠道子宫内膜异位症等亦属于鉴别之列。由于大肠癌症状并不特异，与肠道多种疾病临床表现相重叠，故在临床诊断中多采取主动性诊断方式，排除诊断法少用，对于可疑患者，详细询问病史后仔细检查，配合纤维结肠镜或X线钡餐灌肠及病理活检往往能作出明确诊断。结肠癌主要应与结肠炎症性疾病鉴别，包括肠结核、Crohn病、溃疡性结肠炎、血吸虫病肉芽肿、阿米巴病肉芽肿等。此外，还应与原发性肝癌、胆道疾病、阑尾脓肿相鉴别。直肠癌应与菌痢、阿米巴痢疾、痔、血吸虫病、慢性结肠炎等相鉴别。
1.细菌性痢疾
主要与慢性细菌性痢疾鉴别。病人有腹痛、腹泻、里急后重、黏液脓血便、大便次数增多、左下腹压痛等为特征。如为慢性细菌性痢疾，可有急性发作，除上述症状加剧外尚有发热、头痛、食欲不振。本病有流行病学特征，大便培养痢疾杆菌阳性。乙状结肠镜检查肠黏膜除充血、水肿、溃疡外，黏膜呈颗粒状，可有瘢痕和息肉，取肠壁黏液脓性分泌物作细菌培养阳性率高，应用痢特灵、氟哌酸、氧氟沙星等抗菌药物治疗有效。
2.阿米巴痢疾
病人表现腹胀、腹痛、腹泻或有里急后重，大便呈黏液带脓血、排便次数增多。慢性型者可有消瘦、贫血，结肠常粗厚可触，左右两下腹及上腹部常有压痛，易和直肠癌或结肠癌相混淆。但阿米巴痢疾时大便有腥臭，粪中可找到阿米巴包囊或滋养体。乙状结肠镜检查见到正常黏膜上有典型的散在溃疡，从溃疡底刮取材料作镜检可找到原虫。
3.痔
临床上将直肠癌误诊为痔者实不少见。据上海肿瘤医院统计590例直肠癌被误诊为痔者156例，误诊率高达26.4%。误诊的主要原因系对病史了解不够，又未能作指检。一般内痔多为无痛性出血，呈鲜红色，不与大便相混，随出血量的多寡而表现为大便表面带血、滴血、线状流血甚至喷射状出血。而直肠癌患者之粪便常伴有黏液和直肠刺激症状，直肠指检或乙状结肠镜检查可将痔与直肠癌鉴别。
4.肠结核
肠结核以右下腹痛、腹泻、糊样便、腹部包块和全身结核中毒症状为特征。增生型肠结核，多以便秘为主要表现。X线胃肠钡餐造影可与大肠癌鉴别。溃疡型肠结核，钡剂在病变肠段可见激惹征象，充盈不佳，而在病变上下肠段的钡剂则充盈良好，称为X线钡影跳跃征象。黏膜皱襞粗乱，肠壁边缘不规则，有时呈锯齿状。增生型肠结核见肠段增生性狭窄、收缩与变形，可见充盈缺损、黏膜皱襞紊乱，肠壁僵硬与结肠袋消失。如作纤维结肠镜检查，从病变部位作活检可获进一步确诊。
5.血吸虫病
血吸虫病的肠道病变多见于直肠、乙状结肠和降结肠，虫卵沉积于肠黏膜使局部充血、水肿、坏死，当坏死黏膜脱落后即形成浅表溃疡，临床上表现腹痛、腹泻及便血等症状，进一步出现结缔组织增生，最后使肠壁增厚，严重者引起肠腔狭窄和肉芽肿，应与大肠癌相鉴别。但日本血吸虫病与大肠癌有一定相互关系，因此，在结肠镜检查时应在病变部位，尤其对肉芽肿病变进行组织活检。
6.克罗恩病
克罗恩病为肉芽肿炎性病变，并发纤维性变与溃疡，好发于青壮年。腹泻一般轻，每天排便3～6次，腹痛多在右下腹，排便后腹痛可减轻，约1/3病例在右下腹可扪及包块，并可出现肛瘘、肛门周围脓肿。钡灌肠有特征改变，可见肠壁增厚、僵硬、肠腔狭窄，黏膜皱襞消失、变粗、变平、变直，多呈一细条状阴影;纵形溃疡或横行裂隙状溃疡;正常黏膜呈充血、水肿、纤维化，呈假息肉样病变称卵石征。纤维结肠镜可见黏膜水肿、稍充血、卵石样隆起，伴有圆形、线状或沟漕样溃疡。病人常并发发热、贫血、关节炎及肝病。
7.溃疡性结肠炎 UC是一种原因不明的直肠和结肠慢性炎性疾病，95%以上病例有直肠受累。以20～50岁多见。临床上以腹泻、黏液脓血便、腹痛和里急后重为主要表现，故与直肠癌易混淆。纤维结肠镜检查可见病变黏膜呈弥漫性充血、水肿，黏膜表面呈颗粒状，常有糜烂或浅小溃疡，附有黏液和脓性分泌物，重者溃疡较大。后期可见假性息肉，结肠袋消失。气钡双重对比造影可见黏膜皱襞粗大紊乱，有溃疡和分泌物复盖时，肠壁边缘可呈毛刺状或锯齿状，后期肠壁僵硬，肠腔狭窄，结肠袋消失，假性息肉形成后可呈圆形或卵石形充盈缺损。
8.肠易激综合征
IBS是一种肠功能紊乱性疾病，其发生与精神心理因素有关。腹痛、腹泻、便秘、腹泻与便秘交替、消化不良为其主要表现。但一般情况良好，多次粪常规及培养均阴性，X线钡灌和纤维结肠镜检查均无阳性发现。
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